灵活就业医保和农村医保区别：
1、使用范围不同。灵活就业医保可以挂号、看病就医、药店买药、住院治疗报销等。而新农合目前多个城市只有住院才可以报销，少数看病就诊也可以报销。相对而言。灵活就业医保使用范围更广一些；
2、报销比例不同。灵活就业医保报销比例普遍比新农合比例高一些。一般情况下，灵活就业医保报销70%-90%，而新农合报销50%-70%；
3、报销的标准不同。新农合报销起付线、封顶线都比较低，而灵活就业医保报销的起付线比较高，相对新农合而言缴费标准高一些但是报销额度也大一些。
灵活就业人员医疗保险报销方式：
灵活就业人员缴纳的医疗保险金划分为统筹基金和个人账户两部分，统筹基金用于支付住院医疗费；灵活就业人员医疗保险金划入个人账户的比例为3.5%，个人账户用于支付门诊、住院期间按规定个人应负担的医疗费。
灵活就业参保人员缴纳的医疗保险金，实行专款专用，个人账户本金及利息归个人所有，不得提现，不得透支，超支不补，结存资金滚存使用，个人账户不得转借他人使用。
灵活就业参保人员发生异地调动、死亡，要及时到医保部门办理退保、注销手续，个人账户结余资金本金和利息可一次性退还本人，参保职工死亡，其个人账户结存资金由本人指定的继承人依法继承。
综上所述，灵活就业医疗保险和职工医疗保险的区别主要有：使用范围不同、报销比例不同、报销的标准不同。
【法律依据】：
《中华人民共和国社会保险法》第二十六条
职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。第二十七条 参加职工基本医疗保险的个人，达到法定退休年龄时累计缴费达到国家规定年限的，退休后不再缴纳基本医疗保险费，按照国家规定享受基本医疗保险待遇；未达到国家规定年限的，可以缴费至国家规定年限。
